Pelaksanaan Reformasi Birokrasi sejak tahun 2009 terus dijalankan secara konsisten dan berkelanjutan. Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 81 Tahun 2010 tentang Grand Design Reformasi Birokrasi 2010-2025, saat ini pelaksanaan Reformasi Birokrasi telah memasuki periode ketiga atau periode terakhir masa berlaku Road Map. Pada periode tahap ketiga, tepatnya pada tanggal 21 Desember 2020, BC Karimun menerima penghargaan atas capaian pembangunan Zona Integritas menuju Wilayah Bebas dari Korupsi (ZI-WBK) yang tahun 2020 ini diusulkan kepada Tim Penilai Nasional menjadi unit kerja yang berhasil menerima predikat WBK. Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) adalah predikat yang diberikan kepada suatu unit kerja yang memenuhi sebagian besar manajemen perubahan, penataan tatalaksana, penataan sistem manajemen SDM, penguatan pengawasan, dan penguatan akuntabilitas kinerja. Syarat dapat ditetapkan sebagai WBK adalah 1) Memiliki nilai total (pengungkit dan hasil) minimal 75 dan 2) memiliki nilai komponen hasil “Terwujudnya Pemerintah yang Bersih dan Bebas KKN” minimal 18, dengan nilai sub komponen Survei Persepsi Anti Korupsi minimal 13,5 dan sub komponen Persentasi TLHP minimal 3,5. Penetapan unit kerja berpredikat WBK dituangkan dalam keputusan pimpinan instansi pemerintah dalam hal ini Menteri PANRB.

Untuk memenuhi berbagai persyaratan predikat WBK, Bea Cukai Karimun melakukan pembangunan Zona Integritas. Pimpinan dan jajaran Bea Cukai Karimun menyatakan niat (komitmen) untuk mewujudkan WBK dan WBBM melalui upaya pencegahan korupsi, reformasi birokrasi dan peningkatan kualitas pelayanan publik. Perwujudan atas upaya pencegahan korupsi dilaksanakan dengan pembentukan Unit Pengawas Grativikasi (UPG), inovasi Sistem Monitoring Integritas Pegawai (SMIP), penerapan SPIP, implementasi pengaduan masyarakat, penerapan Whistle-Blowing System, dan penanganan benturan kepentingan. Perwujudan atas upaya reformasi birokrasi dilaksanakan dengan penguatan akuntabilitas seperti penyusunan laporan kinerja berlandaskan SMART, peningkatan kapasitas SDM, penegakkan aturan disiplin, dan data kepegawaian berbasis teknologi.  Perwujudan atas upaya peningkatan kualitas pelayanan publik dilaksanakan dengan penerapan janji layanan dan standar pelayanan, perbaikan dan pemenuhan sarana dan prasarana, penggunaan metode reward and punishment kepada internal, peningkatan akses informasi tentang pelayanan ,dan inovasi serta pelayanan dengan penggunaan teknologi informasi berupa aplikasi SIRINE.